黒くなる原因として考えられることは、以下の２点です。
①れんこんに含まれるポリフェノールが酸化して黒く変色している。
　→食べても健康上の問題はありません。

②収穫時に穴の中に泥が入り込んでしまい、泥がついて黒くなっている。
　→洗うことで取り除けます。